ホトトギスガイは内湾の水深10m程度の海の底から干潟までの範囲に生息しており、多くの個体が集まって互いに足糸をからませてカーペット状になって繁殖します。このホトトギスガイのカーペット状に広がった足糸の影響で砂中に住む他の二枚貝などが窒息して死滅してしまうという深刻な被害が確認されています。

ホトトギスガイの貝殻には淡い色の下地に褐色の模様が入っており、この模様が鳥のホトトギスの胸の部分の模様と似ている事から、その名がついたと言われています。
また、貝殻の内側には真珠のような光沢がかすかに見られ、外側の模様が内側からも透けて見えています。

ホトトギスガイは潮干狩りの際によく見られ、汚染に強い事から生息数は多いのですが、小型で食用には適さないとされています。

ホトトギスガイの幼貝は水面に足を伸ばして、貝殻を下にし、浮く事によって海面を進む事ができます。